คำถามติดแท็ก visualization

ซอฟต์แวร์ใดที่ให้ขั้นตอนการทำงานที่ดีตั้งแต่การวางแผนดาต้าพอยน์ง่ายๆไปจนถึงการสร้างกราฟิกระดับสิ่งพิมพ์ที่มีสไตล์โดยละเอียดการเรียงพิมพ์ทางคณิตศาสตร์และ "คุณภาพระดับมืออาชีพ" สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับคำถามของเดวิด ( คุณลักษณะใดบ้างที่ทำให้มีคุณภาพระดับมืออาชีพ? ) แต่การโฟกัสไม่ได้อยู่ที่คุณลักษณะ แต่ใช้กับซอฟต์แวร์หรือทั่วไปเวิร์กโฟลว์เพื่อไปที่นั่น ฉันมีประสบการณ์ผิวเผินด้วยหลายโปรแกรม Gnuplot, Origin, Matplotlib, TikZ / PGFplot, Qtiplot แต่การทำการวิเคราะห์ข้อมูลและตัวเลขที่ดีในเวลาเดียวกันนั้นค่อนข้างยากที่จะทำ มีซอฟต์แวร์บางอย่างที่อนุญาตสิ่งนี้หรือฉันควรขุดลึกลงไปในแพ็คเกจใดแพ็คเกจหนึ่งหรือไม่? แก้ไข: เวิร์กโฟลว์ปัจจุบันของฉันคือการผสมผสานขององค์ประกอบที่แตกต่างกันซึ่งทำงานร่วมกันมากหรือน้อย แต่โดยรวมแล้วมันไม่ได้มีประสิทธิภาพจริงๆและฉันคิดว่านี่เป็นเรื่องปกติสำหรับนักวิทยาศาสตร์จำนวนหนึ่งที่ห้องปฏิบัติการของมหาวิทยาลัย โดยทั่วไปแล้วจะเป็นห่วงโซ่ที่เริ่มต้นจากการทดสอบไปยังสิ่งพิมพ์เช่นนี้: รับข้อมูลทดลอง (โดยปกติจะอยู่ในรูปแบบ ASCII แต่มีเค้าโครงที่แตกต่างกันเช่นส่วนหัวความคิดเห็นจำนวนคอลัมน์) พล็อตข้อมูลอย่างรวดเร็วเพื่อตรวจสอบว่าไม่มีอะไรผิดพลาดในโปรแกรม Origin, Gnuplot หรือ arcane plot 20 ปีที่ผ่านมา การวิเคราะห์รายละเอียดเพิ่มเติมของข้อมูล: การลบการสนับสนุนพื้นหลังการวิเคราะห์การพึ่งพาและสหสัมพันธ์การปรับให้เหมาะสมกับแบบจำลองทางทฤษฎี นักวิทยาศาสตร์หลายคนใช้ Origin สำหรับงานนี้มีการใช้ Matlab และ Python / Scipy / Numpy เพิ่มมากขึ้น การสร้างตัวเลขระดับมืออาชีพสิ่งนี้เกี่ยวข้องกับการปรับตามแนวทางของวารสารการเรียงพิมพ์ทางคณิตศาสตร์และการแก้ไขทั่วไป ในขณะนี้ฉันใช้ Origin …

40 visualization  data-management 

ฉันเคยได้ยินคนพูดว่าแปลงที่ผลิตโดย ORIGIN มักจะดูขัดและ "เป็นมืออาชีพ" ในขณะที่แปลงที่ผลิตโดย Mathematica ไม่ทำเช่นนั้น อย่างไรก็ตามโปรแกรมการสร้างพล็อตส่วนใหญ่ค่อนข้างสามารถกำหนดค่าได้และมันก็เป็นเหตุผลว่าด้วยการตั้งค่าที่ถูกต้องสำหรับสิ่งต่างๆเช่นการเลือกที่ตั้งและการทำเครื่องหมายตัวเลือกแบบอักษรและสีการจัดตำแหน่งฉลากและอื่น ๆ ฉันควรจะสามารถ / matplotlib / Gnuplot / ฯลฯ ที่ดูดีเหมือนของที่มาจากต้นกำเนิด แต่มันหมายความว่าอย่างไรสำหรับตัวเลขที่จะเป็น "มืออาชีพ" ในบริบทนี้ กล่าวอีกนัยหนึ่งถ้าเป้าหมายของฉันคือการสร้างตัวเลขที่ดูดีที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้เพื่อรวมไว้ในบทความทางวิทยาศาสตร์ตัวเลือกการออกแบบอะไรที่แนะนำโดยทั่วไปสำหรับเป้าหมายนั้น เห็นได้ชัดว่าเราต้องเลือกชนิดของพล็อตที่เหมาะสมเช่นกราฟแท่งกับพล็อตกระจายและสเกลเชิงเส้นเทียบกับลอการิทึม แต่มันเป็นตัวเลือกที่เราคิดอยู่เสมอไม่ว่าจะใช้โปรแกรมการพล็อตใด ฉันสนใจสิ่งที่เราไม่ได้คิดตามปกติซึ่งมักจะถูกตั้งค่าตามค่าเริ่มต้นของโปรแกรมการวางแผน แต่อาจเปลี่ยนแปลงได้เพื่อปรับปรุงรูปลักษณ์ของพล็อต

35 visualization 

ฉันกำลังมองหาเครื่องมือในการมองเห็นกราฟลิงค์ทิศทางที่มีขนาดใหญ่มาก ขณะนี้ฉันมี ~ 2million nodes ที่มี ~ 10million edge ฉันได้ลองทำสิ่งที่แตกต่างกันเล็กน้อย แต่ส่วนใหญ่ใช้เวลาเป็นชั่วโมงในการทำกราฟโหนดขนาด 100k สิ่งที่ฉันได้ลอง: ฉันใช้เวลาหนึ่งวันกับ gephi แต่ 80K nodes ใช้เวลาประมาณหนึ่งชั่วโมงในการเพิ่มและแอปพลิเคชันส่วนใหญ่จะไร้ประโยชน์ ข้อเสนอแนะใด ๆ การสร้างภาพข้อมูลเชิงโต้ตอบจะเป็นประโยชน์

25 visualization 

ฉันกำลังมองหาอัลกอริทึมเพื่อวาดกราฟ 2d แบบมาตรฐานสำหรับฟังก์ชั่นที่อาจจะใช่หรือไม่มีเอกพจน์ จุดประสงค์คือการเขียน "Mini-CAS" ดังนั้นฉันไม่มีความรู้เบื้องต้นเกี่ยวกับประเภทของฟังก์ชั่นที่ผู้ใช้ต้องการสร้างกราฟ ปัญหานี้เก่ามากดังนั้นฉันจินตนาการว่าต้องมีอัลกอริธึมมาตรฐานบางอย่างในวรรณกรรม สำหรับเมื่อฉันไม่ได้ประสบความสำเร็จมากในการหาการอ้างอิงผ่าน Google ฉันพบหนึ่งอัลกอริทึมที่น่าสนใจคืออันนี้จาก "YACAS - หนังสือของอัลกอริทึม"ชื่อ "การปรับฟังก์ชั่น Adaptive" ดังนั้นในระยะสั้น: มีอัลกอริธึมมาตรฐานหรือไม่? มีชุดทดสอบสำหรับฟังก์ชั่นที่ยากต่อการพล็อตหรือไม่? เอกสารที่น่าสนใจที่ควรอ่านมีอะไรบ้าง

21 algorithms  visualization 

ฉันอยากรู้ว่ามีวิธีที่รวดเร็วในการคำนวณระยะทางแบบยุคลิดของเวกเตอร์สองตัวใน Octave หรือไม่ ดูเหมือนว่าไม่มีฟังก์ชั่นพิเศษสำหรับสิ่งนั้นดังนั้นฉันควรใช้สูตรด้วยsqrtหรือไม่

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

ฉันต้องการเขียนข้อมูลบางอย่างจากการคำนวณซึ่งจะอ่านในภายหลังโดย Paraview (ไฟล์. vtu หรือ vtk) เมื่อพูดถึงขนาดของไฟล์ฉันควรใช้รูปแบบ ASCII หรือรูปแบบไบนารีหรือไม่

17 visualization  paraview  vtk 

ฉันต้องการเห็นภาพผลการจำลองที่ได้รับโดยใช้วิธี Galerkin (DG) ที่ไม่ต่อเนื่องภายใน ParaView เช่นเดียวกับวิธีปริมาณ จำกัด โดเมนปัญหาแบ่งออกเป็นเซลล์รูปทรงลูกบาศก์ ("องค์ประกอบ") ซึ่งแตกต่างจากวิธีไฟไนต์วอลลุ่มภายในแต่ละเซลล์ไม่มีค่าเพียงค่าเดียวสำหรับเวกเตอร์โซลูชันแต่แต่ละเซลล์มีโซลูชันuที่จุดรวมหลาย Gaussยูยู\mathbf{u}ยูยู\mathbf{u} คำถามของฉันคือว่าทุกคนมีประสบการณ์ในการแสดงข้อมูลดังกล่าวอย่างมีประสิทธิภาพด้วย ParaView / VTK หรือไม่และคุณเลือกใช้วิธีใดเพื่อแสดงข้อมูลใน VTK มีหลายวิธีที่เป็นไปได้ในใจของฉัน แต่ฉันไม่รู้ว่าวิธีใดที่มีแนวโน้มมากที่สุด: (1) ใช้ voxels ใช้หนึ่ง voxel สำหรับแต่ละจุดรวม Pro:ปลั๊กอินทั้งหมดที่ทำงานกับเซลล์ที่ไม่มีโครงสร้างแบบ VTK มาตรฐานจะยังคงทำงานต่อไปโดยไม่เปลี่ยนแปลงอะไรเลย คอนดิชั่น:เนื่องจากจุดรวมไม่ได้กระจายอย่างสม่ำเสมอมันอาจเป็นเรื่องยากที่จะหาตำแหน่งที่ถูกต้องของจุดยอด นอกจากนี้ยังสามารถกำหนดโซลูชันได้สองครั้งบนพื้นผิวเซลล์เนื่องจากเฟรมเวิร์ก DG อนุญาตการแก้ปัญหาที่ไม่ต่อเนื่อง นอกจากนี้ข้อมูลลำดับชั้น (โดเมนแบ่งออกเป็นองค์ประกอบแต่ละองค์ประกอบมีหลายจุด) จะหายไป (2) ใช้ polyvertices ใช้หนึ่งจุดยอดต่อจุดรวม Pro:ใช้งานง่ายที่สุดและง่ายต่อการระบุหลายจุดในตำแหน่งเดียวกันด้วยโซลูชันที่แตกต่างกัน คอนดิชั่น:ความสามารถในการเห็นภาพข้อมูลเป็น "เซลล์" จะหายไปรวมทั้งข้อเสียเช่นเดียวกับข้างต้น (3) ใช้โครงร่างการสร้างพื้นที่สี่เหลี่ยมจัตุรัส VTK ใช้การสนับสนุนในตัวสำหรับโครงร่างการสร้างพื้นที่สี่เหลี่ยมจัตุรัส Pro:การใช้งานค่อนข้างตรงไปตรงมารักษาความสัมพันธ์และคุณสมบัติทั้งหมดของโซลูชันดั้งเดิม คอนดิชั่น:เนื่องจากนี่เป็นเซลล์ประเภทใหม่ทั้งหมดปลั๊กอินส่วนใหญ่ (ส่วนใหญ่) …

15 finite-element  visualization  discontinuous-galerkin 

สมมติว่าฉันมีไฟล์ VTK สองไฟล์ทั้งในรูปแบบกริดที่มีโครงสร้าง กริดที่มีโครงสร้างเหมือนกัน (มีรายการจุดเหมือนกันตามลำดับเดียวกัน) และมีฟิลด์เรียกว่า "พี" ในแต่ละไฟล์ VTK ฉันต้องการสร้างไฟล์ VTK ที่สามอีกครั้งด้วยกริดที่มีโครงสร้างเดียวกันและพล็อตฟิลด์ที่แตกต่างระหว่างพีในไฟล์ VTK แรกและพีในไฟล์ VTK ที่สอง ฉันรู้วิธีการทำสิ่งนี้ด้วยตนเอง; ฉันสามารถแยกวิเคราะห์ข้อความดิบในไฟล์ VTK สองไฟล์คัดลอกข้อมูลลงในอาร์เรย์ลบหนึ่งอาเรย์ออกจากที่อื่นแล้วถ่ายโอนข้อมูลในรูปแบบที่ถูกต้องลงในไฟล์ใหม่ มีวิธีที่ดีกว่าในการคำนวณความแตกต่างนี้และส่งออกไปยัง VTK หรือไม่ โซลูชันใน Python หรือซอฟต์แวร์สร้างภาพข้อมูลเช่น VisIt หรือ Paraview ควรใช้ภาษาที่คอมไพล์เช่น C ++ จุดประสงค์ของการคำนวณความแตกต่างนี้คือการเปรียบเทียบวิธีการเชิงตัวเลขที่แตกต่างกันสำหรับการคำนวณการแก้ปัญหาของ PDE; เนื่องจากฉันใช้ซอฟต์แวร์เดียวกันเพื่อสร้างโซลูชันฉันสามารถรับประกันได้ว่าข้อมูลทั้งหมด แต่ฟิลด์พีจะเหมือนกันในแต่ละไฟล์ที่ฉันสร้าง

15 visualization  vtk 

ฉันยังใหม่กับการเขียนโปรแกรมและฉันพยายามที่จะแก้ปัญหาใหญ่ครั้งแรกของฉันและเขียนโปรแกรมใหญ่ครั้งแรกของฉัน ฉันได้ค้นหาตัวอย่างโค้ดโอเพนซอร์ซที่จะเรียนรู้ แต่จนถึงขณะนี้มีเพียงพบรหัสในภาษาที่ฉันไม่เข้าใจอย่างสมบูรณ์หรือสิ่งที่เกี่ยวข้อง แต่ยังห่างไกลเกินไปที่ฉันจะเรียนรู้จากจริง ๆ ฉันมีปัญหาในการทำตามขั้นตอนบางอย่างที่นี่ ฉันต้องการสร้างซอฟต์แวร์ง่ายๆเพื่อสร้างดัดแปลงและต่อมาเป็นตัวแทนของโมเลกุลอินทรีย์ขนาดเล็ก นี่คือการออกกำลังกายการเรียนรู้เป็นหลัก ผู้ใช้จะให้สตริง SMILES หรือเลือกจากชุดโมเลกุลเริ่มต้นพื้นฐานและจากนั้นสามารถสร้างบนโมเลกุลนั้นทั้งแบบกราฟิกหรือผ่านไวยากรณ์อินพุตข้อความ อย่างไรก็ตามฉันยังไม่ถึงจุดที่ซับซ้อน ฉันไม่เข้าใจอย่างถ่องแท้ถึงวิธีการสร้างคลาส / วัตถุเพื่อจัดเก็บโมเลกุล ดังนั้นคำถามของฉันอย่างชัดเจน: ฉันจะใช้คลาส / วัตถุเพื่อสร้างโมเลกุลในขณะที่เก็บข้อมูลในทุกระดับได้อย่างไรและฉันควรใช้โครงสร้างข้อมูลใดเป็นคุณลักษณะของวัตถุใด และวัตถุสามารถเป็นคุณลักษณะของวัตถุอื่นได้หรือไม่? นี่คือความคิดของฉันจนถึงตอนนี้ฉันกำลังคิดว่าจะมีคลาส "โมเลกุล" จากนั้นก็เป็นคลาส / คลาสย่อย "อะตอม" และคลาสย่อย "บอนด์" และอาจเป็นคลาสย่อย "FunctionalGroup" ด้วย ดูเหมือนจะเป็นจุดเริ่มต้นที่ดี แต่บางทีฉันอาจเข้าใจผิดว่า OOP และนี่เป็นสิ่งที่ไม่ดี แต่แล้วปัญหาของฉันก็ทำให้สับสน (สำหรับฉัน) แม้ว่าฉันจะมีแนวคิด / ความคิด / ชั้นเรียนเหล่านี้ทั้งหมด แต่ฉันไม่เข้าใจอย่างเต็มที่ว่าโครงสร้างข้อมูลใดที่จำเป็นสำหรับการแทนโมเลกุล รายการของอะตอมน่าจะดี รายการนั้นอาจเป็นรายการวัตถุ Atom หรือไม่ ฉันจะต้องมีวิธีในการจัดเก็บการเชื่อมต่อ เมทริกซ์ 2D …

12 computational-chemistry  python  visualization 

โดยทั่วไปแล้วโปรตีนจะแสดงในรูปแบบการ์ตูนโดยมีβแผ่นเป็นลูกศรและαเอนริเก้แบบขดลวด: ฉันสงสัยว่ามีการอ้างอิงที่อธิบายถึงการสร้างการเป็นตัวแทนนี้หรือไม่? นั่นคือวัตถุทางคณิตศาสตร์ที่ใช้ในการสร้างกราฟิกเหล่านี้และสิ่งที่พวกเขาสร้างอะตอม / ทิศทาง?

12 computational-chemistry  visualization 

จึงเรียกว่าควอดทรีและoctreeกริดจะค่อนข้างน่าสนใจสำหรับการใช้งานที่ต้องการการปรับแต่งตาข่ายปรับตัว พวกเขาเป็นตัวอย่างที่ใช้ในการGerrisและParamesh มีใครบ้างที่ทราบรูปแบบไฟล์ที่ดีสำหรับกริดดังกล่าวและรองรับซอฟต์แวร์การสร้างภาพ ดูคำตอบนี้ในคำถามที่พบบ่อยของ Gerris ผู้สมัครที่มีศักยภาพเพียงคนเดียวที่ฉันรู้อยู่ในปัจจุบันคือคลาสVTK HyperOctreeแต่ดูเหมือนจะไม่มีเอกสารประกอบ เป็นตัวอย่างที่เฉพาะเจาะจงของตาข่ายให้พิจารณาตาราง octree ที่ได้รับการกลั่นอย่างกระจัดกระจายซึ่งประกอบด้วยกล่องแต่ละกล่องประกอบด้วยเซลล์ กลยุทธ์ปัจจุบันของฉันใน Visit / Paraview คือ: 8 × 8 × 8 = 51210410410^48 × 8 × 8 = 5128×8×8=5128 \times 8 \times 8=512 เขียนกริดเป็นไฟล์ VTK ที่ไม่มีโครงสร้าง สิ่งนี้มีราคาแพงสำหรับชุดข้อมูลขนาดใหญ่และไม่ใช้ 'โครงสร้าง' ของ quad / octree รวบรวม 'กล่อง' ที่อยู่ใกล้เคียงในต้นไม้เป็นบล็อกขนาดใหญ่แล้วเขียนตารางที่มีโครงสร้างเป็นบล็อก สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับรหัสพิเศษอีกเล็กน้อยและสูญเสียข้อมูลการเชื่อมต่อที่ฝังในรูปสี่เหลี่ยม / แปด อัปเดตหากขณะนี้ไม่มีรูปแบบที่ใช้งานได้สำหรับการเขียนและแสดงผลกริด octree โดยตรงฉันจะขอบคุณคำแนะนำสำหรับรูปแบบไฟล์ที่สามารถใช้ในการเขียน …

10 visualization 

ฉันพยายามเพิ่มประสิทธิภาพแอปพลิเคชั่น MPI ด้วยรูปแบบการสื่อสารแบบอะซิงโครนัสสูง แต่ละอันดับมีรายการสิ่งที่ต้องคำนวณและส่งข้อความตามที่จำเป็นหากอินพุตหรือเอาต์พุตอยู่ในอันดับที่แตกต่างกัน นอกจากนี้แต่ละระดับจะถูกเธรด (ปัจจุบันมีหนึ่งเธรดการสื่อสารและ 5 คนงาน) ฉันใช้รหัสกับตัวจับเวลาเกี่ยวกับประสิทธิภาพของส่วนต่าง ๆ ของรหัสซึ่งให้รายการของฉัน (เริ่มต้นสิ้นสุดประเภท) อเนกประสงค์สำหรับแต่ละเธรด พล็อตด้วยวิธีที่ชัดเจนโดยมีเวลาเป็นแกนนอนอันดับและเธรดเป็นแนวตั้งและสีที่ระบุว่าแต่ละเธรดกำลังทำอะไรฉันได้รับภาพเช่นนี้สำหรับ 16 อันดับด้วย 6 เธรด / อันดับ: คำถามของฉันคือ: วิธีอื่นในการแสดงข้อมูลนี้ที่อาจช่วยแก้ไขปัญหาด้านประสิทธิภาพคืออะไร ใครบ้างที่มีพล็อตประเภทโปรดที่พวกเขาใช้เมื่อทำโปรไฟล์แอปพลิเคชันแบบอะซิงโครนัส? ชุดข้อมูลนี้มีข้อ จำกัด ในการที่ไม่ทราบว่าโครงสร้างดาต้าโฟลว์ แต่ฉันต้องการทำความเข้าใจให้มากที่สุดก่อนที่จะพยายามรวบรวมสิ่งที่ซับซ้อนมากขึ้น รูปภาพที่ไม่มีการบีบอัดอยู่ที่นี่ในกรณีที่ทุกคนต้องการมองไปรอบ ๆ (ไม่สามารถอัพโหลดผ่านเส้นทางปกติ) น่าเสียดาย Firefox ไม่ยอมรับแม้ว่าฉันจะเชื่อว่ามันถูกต้องอาจเป็นเพราะมันใหญ่เกินไป

10 mpi  visualization 

มีภาพรวมของซอฟต์แวร์การสร้างภาพเทนเซอร์หรือไม่? ความชอบส่วนตัวของฉันคือ: ซอฟต์แวร์ที่ให้บริการฟรีเอกสารที่ดีและเสนอเทคนิคการสร้างภาพข้อมูลสำหรับฟิลด์ลำดับที่สองทางกายภาพ (หรือลำดับที่สูงกว่า) ฟิลด์เมตริกซ์ บางโมดูลที่ฉันสนใจ Hyperstreamlines ( วิธีการรวม eigenvector ) Geodesics เป็นทิศทางแทนที่จะเป็น eigenvectors วิธีการเชิงทอพอโลยี (เช่นการจัดการค่าลักษณะเฉพาะที่เท่ากันเช่นจุดเสื่อม , การสกัดเลขชี้กำลังของFinite Lupynov ) เทนเซอร์ทรงรี การสร้างภาพข้อมูลตามพื้นผิว ( HyperLIC , วิธีการทางกายภาพ ) การจัดการของเขตเมตริกซ์สมมาตร (สลายตัวของสนามเมตริกซ์เป็นส่วนสมมาตรและป้องกันสมมาตรและอีก glueing ของการสร้างภาพที่เกิดขึ้นหรือวิธีการโดยตรง ) ขึ้นอยู่กับคุณสมบัติทางกายภาพของฟิลด์เทนเซอร์ต้องใช้วิธีการต่าง ๆ ในการแสดงข้อมูล ฉันรู้เกี่ยวกับมายาวีแต่แทบจะไม่มีเอกสารประกอบสำหรับโมดูลเมตริกซ์และโมดูลนั้น จำกัด อยู่ที่การสร้างภาพข้อมูลของไฮเปอร์สโตร์ไลน์ (เอกพจน์) GUI มีข้อผิดพลาดและตัวเลือกการเขียนสคริปต์ดูเหมือนมี จำกัด ดูเหมือนจะมีการเลือกอึมครึมมากสำหรับการสร้างภาพของฟิลด์เทนเซอร์

9 visualization  tensor 

ฉันมีตาข่ายใบหน้า FFFขอบ EEEและจุดยอด VVVและฉันมีรายการรูปทรงชุดระดับที่กำหนดไว้ล่วงหน้า ฉันสามารถใช้อัลกอริทึมใดในการสร้างรูปทรงได้อย่างมีประสิทธิภาพมากที่สุด เนื้อเรื่องของเส้นแสดงอยู่ด้านบน เส้นที่มีสีเดียวกันจะมีสีเดียวกันZZz ราคา.

9 computational-geometry  visualization